Секция по мини-футболу (юноши) существует с сентября 2012 года. Тренер: старший преподаватель кафедры физической культуры Михаил Юрьевич Козлов.

Основная цель тренировок — участие сборной команды в спортивных соревнованиях различного уровня, пропаганда и развитие футбола в университете. Сборная команда по мини-футболу принимает участие во Всероссийском проекте «мини-футбол в Вузы», Фестивале студенческого спорта «УниверЛига Оренбуржья» среди обучающихся образовательных организаций высшего образования Оренбургской области, Фестивале спорта обучающихся в медицинских и фармацевтических вузах России с международным участием «Физическая культура и спорт - вторая профессия врача», а также в турнирах «Форвард Лига», «Оренбургская Премьер-Лига» и «Мастерская футбола».